Presse
Bourse à l'emploi
Contact
Espace membre
Annuaire des projets
Annuaire des projets
Depuis la création des pôles de compétitivité en 2005, VEGEPOLYS VALLEY a labellisé de très nombreux projets. Le pôle en accompagne en moyenne 70 à 100 par an, ce qui représente près de 1 400 projets pour un investissement potentiel de 4 milliards d’€. Près de la moitié d’entre eux ont d’ores et déjà obtenu un financement. Retrouvez ci-dessous une sélection de projets représentatifs des axes d’innovation du pôle et des financements possibles.
PROT4BREED
UMR 0320 - GÉNÉTIQUE QUANTITATIVE ET EVOLUTION - LE MOULON
Dans le contexte actuel de changement climatique et d'augmentation de la population humaine, l'amélioration végétale doit permettre de sécuriser les rendements des cultures tout en assurant une alimentation saine et durable aux consommateurs. Longtemps basées sur les seuls marqueurs génétiques, les méthodes de sélection végétale se tournent de plus en plus vers l'exploitation de données omiques collectées en aval du génome, notamment aux niveaux transcriptomique et métabolomique. Les données de protéomique sont beaucoup moins exploitées en raison de complexités techniques qui qui imposent un faible débit d'analyse non adapté à l'étude de grandes cohortes d'échantillons, telles que celles utilisées en amélioration végétale.
Le projet Prot4Breed vise à élaborer des méthodes de préparation d'échantillon et d’analyse protéomique par spectrométrie de masse (MS) à haut-débit sur des échantillons végétaux. Deux aspects seront traités : 1) la réduction du temps de préparation des échantillons végétaux 2) la réduction du temps d’analyse par chromatographie liquide en couplage avec l'analyse par MS (LC-MS). Les développements seront menés de manière à affecter le moins possible la quantité et la qualité des données acquises. La réalisation de ces deux objectifs rendra possible l'application de la protéomique aux grands dispositifs expérimentaux utilisés dans le domaine de l'amélioration variétale.
Prot4Breed est un projet méthodologique destiné à lever des verrous technologiques : il permettra de réduire le temps nécessaire aux analyses protéomiques et également leurs coûts. La réalisation des objectifs de ce projet permettra d’atteindre un débit d’environ 1000 analyses en deux semaines, c’est-à-dire un temps machine raisonnable pour un spectromètre de masse de plateforme utilisé pour répondre à des demandes d'analyses nombreuses et variées.
PAPPSO renforce son engagement pour l’agroécologie avec l’acquisition d’un Orbitrap Astral sur son site de Gif-sur-Yvette
La transition agroécologique est un enjeu majeur pour une agriculture plus durable et plus respectueuse de l’environnement. Pour y contribuer, il est essentiel de mieux comprendre le fonctionnement des agroécosystèmes, grâce à des recherches interdisciplinaires prenant en compte la diversité génétique des organismes vivants ainsi que leurs interactions multiples en condition in situ, comme par exemple les interactions entre plantes voisines ou entre les plantes et le sol en plein champ. Ces recherches sont généralement basées sur l’intégration de données multi-omiques acquises sur un très grand nombre d’échantillons. Dans ce contexte, la protéomique devient un des outils de phénotypage moléculaire offrant de nouvelles opportunités en agroécologie.
Pour renforcer ses capacités dans ce domaine, PAPPSO a installé sur son site de Gif-sur-Yvette (IDEEV, UMR GQE-Le Moulon), un spectromètre de masse OrbitrapTM AstralTM (Thermo Fisher Scientific). Cet instrument de dernière génération, ultra-rapide et sensible, est particulièrement adapté pour l’analyse de grandes cohortes d’échantillons ou l’étude d’échantillons très complexes tels que ceux issus de la rhizosphère. Financé grâce aux subventions de la région Ile-de-France, d'INRAE, de l’Université Paris-Saclay, de l’EUR SPS, d’AgroParisTech, de l’institut Carnot Plant2Pro, dans le cadre du projet PROT4BREED labellisé par VEGEPOLYS VALLEY, ce nouvel instrument va permettre à PAPPSO de développer de nouvelles offres de service en protéomique à haut-débit et métaprotéomique, plaçant ainsi la protéomique au premier plan des recherches en agroécologie. Il permettra également de répondre plus généralement aux besoins d'analyse toujours plus poussés des biologistes.
N’hésitez pas à nous contacter pour échanger sur cet instrument et pour l’utiliser dans le cadre de futurs projets de recherche !
-> Contact : Mélisande Blein-Nicolas (melisande.blein-nicolas@inrae.fr), Céline Henry (celine.henry@inrae.fr)
Plateforme d’Analyse Protéomique de Paris Sud-Ouest (PAPPSO).
PAPPSO (http://pappso.inrae.fr/) offre un accès complet à des équipements de pointe et à une expertise en analyse protéomique, avec une spécialisation en métaprotéomique, peptidomique et analyse de grandes cohortes d’échantillons. Avec une organisation sur deux sites complémentaires, à l’Institut MICALIS et à l’IDEEV, PAPPSO propose des approches analytiques variées et adaptées aux projets scientifiques en microbiologie, biologie végétale et animale. La plateforme accompagne ses utilisateurs de la conception de leur projet à l’interprétation des données, en garantissant un soutien personnalisé à chaque étape. PAPPSO est ouverte aux collaborations nationales et internationales et peut, dans ce cadre, engager des développement méthodologiques, analytiques, ou bioinformatiques innovants.
Imprimer la page
Les labels
