Stage M2 de 6 mois : Validation de gènes candidats comme marqueurs de la résistance constitutive de la carotte vis-à-vis d’Alternaria dauci

Entreprise

Raison sociale : AGRI OBTENTIONS

Secteur : AGROALIMENTAIRE – TRANSFORMATION PRODUITS AGRICOLES

Description brève de l'entreprise : Société Semencière

Poste

Type de contrat : Stage

Lieu : Angers

Formation souhaitée : Ingénieur/Master

Date d'embauche souhaitée : début à prévoir février / mars 2024

Description des missions : Contexte
La carotte est une espèce allogame dont la majorité des variétés actuellement développées sont des hybrides. Agri Obtentions possède des lignées mâles et femelles permettant de créer des hybrides ayant une bonne valeur agronomique et qualitative. Toutefois, ces lignées sont plus ou moins sensibles à Alternaria dauci (Ad), un champignon phytopathogène responsable de la principale maladie fongique affectant l’espèce. L’Alternariose est une maladie foliaire, qui réduit le rendement et impacte la récolte en détruisant le feuillage. Agri Obtentions souhaite par conséquent développer un programme de sélection pour la résistance à cette maladie. Pour cela, mieux identifier les gènes potentiellement impliqués dans la résistance et disposer de marqueurs de résistance serait d’une aide précieuse.

Missions :
1/ Des analyses RTqPCR de 13 gènes sur 19 génotypes de carotte ont déjà été réalisées avec deux répétitions biologiques. Le ou la stagiaire devra analyser une troisième répétition biologique dont le matériel est déjà disponible.
D’autres gènes potentiels marqueurs de résistance (3 à 5) identifiés par Koutouan et al. (2023) pourront aussi être intégrés à cette étude. Le ou la stagiaire devra mettre au point les tests RTqPCR pour ces nouveaux gènes (design d’amorces, évaluation des efficacités…) et réaliser les analyses sur les 19 génotypes.

2/ A partir de l’ensemble de ces résultats, des combinaisons de plusieurs marqueurs seront recherchées après analyse statistique pour identifier celles qui seraient les plus pertinentes pour caractériser au mieux le niveau de résistance des génotypes.

3 / Fonction du temps disponible, l’analyse par RTqPCR de génotypes supplémentaires au stade plantules (2 à 3 feuilles vraies) sera alors réalisée avec une ou plusieurs combinaisons de gènes mises en évidence (point 2).
Ces diverses activités seront menées sous l’encadrement de personnels QuaRVeg.

Compétences demandées :

• Production

Informations complémentaires : Compétences requises : De bonnes connaissances en génétique, biologie moléculaire, pathologie végétale et analyses statistiques sont requises. De bonnes connaissances en amélioration des plantes seraient un plus.

Publications de l’équipe sur le sujet et mémoire de fin d’études
Bremand, E., 2023. Recherche de gènes marqueurs de la résistance constitutive de la carotte face à Alternaria dauci. Mémoire de Master Biologie Végétale, UA, 87 p.
Brisset, M.N., Dugé de Bernonville, T, Gaucher M., Moussa S.A., Briard M., Le Clerc V. Koutouan C.E., 2019. DI-RV-19-0075 : extension carotte du brevet Patent n° WO/2011/161388.

Adhérent VEGEPOLYS VALLEY : Oui

Contact(s) pour l'annonce : M. Jérôme AUZANNEAU

Téléphone pour l'annonce : 01.30.48.23.20